天启三年五月，黄河决口于睢阳、徐、邳一带，上下一百五十里内悉成平地，而朱由校正好再也受不了姚思仁的食古不化，他稍微露出点口风，很快姚思仁就自请致仕。天启三年七月，朱由校加姚思仁太子太保而致仕，由钟羽正任工部尚书，皇帝命他勘查黄河河道，准备开始治理黄河。
而在这年七月，安南禄州何中蔚入侵广西上思州，围迁隆峒，掠凭祥白沙村，巡抚何士晋督率军击退，将捷报呈于朝。朱由校大怒，派遣使者去责问安南，并在心中决定，一旦抽出手来，就要征伐安南。
安南立即派遣使者前来解释，认为侵犯广西之事纯属何中蔚私自行动，并没有受到安南政府的指使。而朱由校既然已经想要对安南动手，就让礼部提出苛刻的要求：割让安南禄州全部土地并入思明府（上思州所属的府），将何中蔚全家押解到京师，灭其族。
安南对何中蔚及其家人的命运倒是漠不关心，但要割让一州之地给大明，那无论如何都是不可能的，所以安南百般解释，百般拖延，想要到最后不了了之，而这正合朱由校之意，他指示礼部，一定要留个尾巴，作为以后发难的依据。
天启三年九月，皇后张嫣产下一子，朱由校给他取名朱慈燃。他是皇长子，又是嫡子，是无可争议的太子。他的出生，对于大明朝廷来说，是一件最重要的事，万历年间的国本之争让很多大臣被黜落，被廷杖，最后伤心地离开了京师，根本原因就是皇后无子。
而如今皇后生了嫡长子，至少几十年内，大明朝廷的延续将不会出现波折。由首辅方从哲提议，阁臣和六部附议，再在大朝会由众臣一起提出，组建了应该是世界上最严密的太子护卫队。
太子护卫队由三部分组成，第一部分是魏忠贤挑选的太监和宫女，他们负责太子在宫内宫外时的饮食和日常安全；第二部分是勋贵及大臣的刚出生到五岁的男性后代，他们负责在太子两岁后陪伴太子学习；第三部分是由晦明从少林寺找来的小和尚，龙虎山的小道士，都是十岁以下的而且身手不错，将会在太子两岁后负责保护太子的人身安全。
第二三部分现在只是挑选然后进行训练，而第一部分的宫女，都要经过东厂详细调查，家中必须有至亲存活，从来没有出现任何差错的人才能初步选入，而初步选入后还要经过培训，主要是由太医讲解小孩子的食物禁忌，日常身体保健知识，防止受寒的知识，培训后还要进行考试，成绩合格才能最终入选，被称为安全宫女。
而太监也必须是从来没有犯错的有至亲存活的人，而且必须身具武功，被称为安全太监。魏忠贤将方正化从苏州调了回来，担任这第一部分的总管，正式职务是都知监掌印太监，这对于方正化来说，可算是一下子升了几级，已经成为了太监中的最高层了。
方正化带领第一部分共五十个安全太监，五十名安全宫女，来到了坤宁宫。而原来坤宁宫的太监和宫女，也被方正化集中起来，站在院中。